ჰუმანიტარულ მეცნიერებათა ფაკულტეტი წლების მანძილზე იცვლიდა დასახელებას და სტრუქტურას, მასში სხვადასხვა დროს გაერთიანდა უნივერსიტეტის ტრადიციული ფაკულტეტები და მიმართულებები (ფილოლოგიის, დასავლეთ ევროპული ენებისა და ლიტერატურის, პედაგოგიკის, ისტორიის და სხვა).

ფილოლოგიის ფაკულტეტი ჯერ კიდევ ბათუმის სამასწავლებლო ინსტიტუტში ჩამოყალიბდა, 1935 წელს. დასაწყისში მას ხელმძღვანელობდა გრიგოლ გიორგაძე. მოგვიანებით, 1945 წელს, როცა ბათუმის სამასწავლებლო ინსტიტუტის ბაზაზე ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელობის პედაგოგიური ინსტიტუტი ჩამოყალიბდა, ფილოლოგიის ფაკულტეტი ისტორიის ფაკულტეტს შეუერთდა. ისტორია-ფილოლოგიის ფაკულტეტი აერთიანებდა შემდეგ სპეციალობებს: ქართული ენის, ლიტერატურისა და ისტორიის, ქართული ენისა და ლიტერატურის, ისტორიის, რუსული ენისა და ლიტერატურის, უცხოური ენებისა და საზღვარგარეთული ლიტერატურის. ფაკულტეტში გაერთიანებული იყო შემდეგი კათედრები: ქართული ენისა და ლიტერატურის, რუსული ენისა და ლიტერატურის, საქართველოს ისტორიის, მსოფლიო ისტორიის, უცხოური ენებისა და საზღვარგარეთული ლიტერატურის.

საქართველოს მინისტრთა კაბინეტის 1990 წლის 3 სექტემბრის №453 დადგენილებით ბათუმის სახელმწიფო პედაგოგიური ინსტიტუტის ბაზაზე შეიქმნა ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელობის სახელმწიფო უნივერსიტეტი.

1991 წელს ისტორია-ფილოლოგიის ფაკულტეტს გამოეყო რუსული ენისა და უცხო ენების ფაკულტეტი. 2000 წლის აგვისტოში აღნიშნულ ფაკულტეტს გადაეცა ჟურნალისტიკა-უცხო ენისა და ჟურნალისტიკის სპეციალობები და ეწოდა დასავლეთ ევროპული ენებისა და ლიტერატურის ფაკულტეტი, დეკანის მოვალეობის შემსრულებლად დაინიშნა დოც. ბიჭიკო დიასამიძე, 1992-1996 წწ.-ში ფაკულტეტს ხელმძღვანელობდა დოც. ნოდარ ვარშანიძე. 1996 – 2002 წწ.-ში ფაკულტეტის დეკანი იყო დოც. მალხაზ ჩოხარაძე, 2002 – 2004 წწ.-ში დოც. მაია კიკვაძე. 2004 წლიდან ფაკულტეტის დეკანის მოვალეობას ასრულებდა დოც. მარინა გიორგაძე.

1998–1999 სასწავლო წელს უნივერსიტეტში სტრუქტურული ცვლილებები განხორციელდა, ისტორია-ფილოლოგიის ფაკულტეტის ბაზაზე შეიქმნა ორი, ისტორიისა და ფილოლოგიის ფაკულტეტი. ამ პერიოდიდან ფილოლოგიის ფაკულტეტს ხელმძღვანელობდნენ, დეკანი დოც. მერი ცინცაძე (1998-2004 წწ.) და მ/კ თემურ ავალიანი (2004-2005 სასწავლო წელი).

ჰუმანიტარული ფაკულტეტი ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელობის სახელმწიფო უნივერსიტეტში 2005 წლის სექტემბრიდან არსებობს. აღნიშნული ფაკულტეტი ფილოლოგიისა და დასავლეთ ევროპული ენებისა და ლიტერატურის ფაკულტეტების შერწყმის საფუძველზე შეიქმნა. დეკანის მოვალეობის შემსრულებლად დაინიშნა დოც. მარინა გიორგაძე.

ჰუმანიტარულ ფაკულტეტში გაერთიანდა 9 კათედრა: ქართული ენის, ქართული ლიტერატურის, ზოგადი ფილოლოგიის, რუსული ენის, რუსული ლიტერატურის, ზოგადი ენათმეცნიერების, ინგლისური ენისა და საზღვარგარეთის ლიტერატურის, გერმანული ენისა და ლიტერატურის, ფრანგული ენისა და ლიტერატურის.

მოგვიანებით, უნივერსიტეტში მიმდინარე რეორგანიზაციასთან დაკავშირებით, ფაკულტეტზე არსებული 9 კათედრა გაუქმდა და მათ ბაზაზე ქართული ფილოლოგიის, სლავისტიკის და ევროპეისტიკის დეპარტამენტები ჩამოყალიბდა.

2006 წლის სექტემბრიდან ფაკულტეტს შეუერთდა პედაგოგიკა-ფსიქოლოგიის დეპარატამენტი (ხელმძღვანელი პროფ. ნ. ბარამიძე) და ეწოდა ჰუმანიტარულ მეცნიერებათა და პედაგოგიკის ფაკულტეტი, რომლის დეკანად 2006 წლის დეკემბერში პროფ. მარინა გიორგაძე აირჩიეს.

2007 წლის სექტემბრიდან ფაკულტეტს გამოეყო პედაგოგიკა-ფიქოლოგიის მიმართულება და შეუერთდა ისტორიის, ფილოსოფიისა და ხელოვნებათმცოდნეობის მიმართულებები. ფაკულტეტს ეწოდა ჰუმანიტარულ მეცნიერებათა ფაკულტეტი და იგი აერთიანებდა 6 დეპარტამენტს:
-  ქართული ფილოლოგიის (ხელმძღვანელი, პროფ. რამაზ ხალვაში);
-  ევროპეისტიკის დეპარტამენტი (ხელმძღვანელი, პროფ. ირინე გოშხეთელიანი);
-  სლავისტიკის დეპარტამენტი (ხელმძღვანელი, პროფ. მარინა აროშიძე);
- ისტორიის, არქეოლოგიისა და ეთნოლოგიის დეპარამენტი (ხელმძღვანელი, ასოც. პროფ. კახა სურგულაძე);
-  ფილოსოფიის დეპარტამენტი (ხელმძღვანელი, ასოც. პროფ. ლალი ზაქარაძე;
-  ხელოვნების თეორიისა და ისტორიის დეპარტამენტი (ხელმძღვანელი, პროფ. მაია ჭიჭილეიშვილი)

2010 წლის სექტემბერში განხორციელებული რეორგანიზაციის შედეგად ჰუმანიტარულ მეცნიერებათა ფაკულტეტი გაერთიანდა განათლებისა და მეცნიერებათა ფაკულტეტში, ხოლო 2013 წლის 16 სექტემბრიდან ჰუმანიტარულ მეცნიერებათა ფაკულტეტი კვლავ დამოუკიდებლად აგრძელებს საქმიანობას.

2015 წლის 29 მაისის ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელმწიფო უნივერსიტეტის აკადემიური საბჭოს N55 დადგენილებით,  ბათუმის სახელმწიფო უნივერსიტეტის ჰუმანიტარულ მეცნიერებათა ფაკულტეტზე ისტორიის, არქეოლოგიისა და ეთნოლოგიის დეპარტამენტის ბაზაზე შეიქმნა აღმოსავლეთმცოდნეობის დარგობრივი დეპარტამენტი, სადაც ამ ეტაპზე ფუნქციონირებს თურქოლოგიის საბაკალავრო და სამაგისტრო საგანმანათლებლო პროგრამები.

დღეისათვის ფაკულტეტი აერთიანებს ხუთ დეპარტამენტს:
-   აღმოსავლეთმცოდნეობის დეპარტამენტი (ხელმძღვანელი, პროფ. ემზარ მაკარაძე)
-   ევროპეისტიკის დეპარტამენტი (ხელმძღვანელი, ასოც. პროფ. თეა შავლაძე);
- ისტორიის, არქეოლოგიისა და ეთნოლოგიის დეპარამენტი (ხელმძღვანელი, ასოც. პროფ. ჯემალ კარალიძე);
-  ფილოსოფიის დეპარტამენტი (ხელმძღვანელი, ასოც. პროფ. გიორგი მასალკინი);
-   ქართული ფილოლოგიის დეპარტამენტი (ხელმძღვანელი, პროფ. მაია ბარამიძე).

ჰუმანიტარულ მეცნიერებათა ფაკულტეტი განთავსებულია უნივერსიტეტის ძველ, ისტორიულ შენობაში, აქვს თანამედროვე ტექნიკით აღჭურვილი აუდიტორიები,  ანგლისტიკის, გერმანისტიკის, რომანისტიკის, ამერიკანისტიკის, თურქოლოგიის, კლასიკური ფილოლოგიის, ბიზანტინოლოგიისა და ნეოგრეცისტიკის კაბინეტები და სინქრონული თარგმანის ლაბორატორია.

2022 წლის 12 დეკემბერს ჩატარდა არჩევნები და ფაკულტეტის დეკანად არჩეულია ასოცირებული პროფესორი თეონა ბერიძე.