ბათუმის შოთა რუსთაველის სახელმწიფო უნივერსიტეტის აკადემიურმა საბჭომ ისტორიის მეცნიერებათა დოქტორს, გერმანიის არქეოლოგიის ინსტიტუტის წევრ-კორესპონდენტს, პროფესორ ჯონი აფაქიძეს საპატიო დოქტორის წოდება მიანიჭა. პროფესორმა ჯონი აფაქიძემ მნიშვნელოვანი წვლილი შეიტანა ახალგაზრდა მეცნიერების აღზრდაში, ქართული არქეოლოგიის განვითარებაში, მისი საზღვარგარეთ წარმოჩენისა და პოპულარიზაციის საქმეში.
პროფესორ ჯონი აფაქიძეს მიღებული აქვს გერმანიის სასწავლო-აკადემიური გაცვლის სამსახურისა (DAAD) და გერმანიის არქეოლოგიის ინსტიტუტის (DAI) სტიპენდიები. ის ასევე არის ალექსანდრე ფონ ჰუმბოლდტის ფონდის (AvH) პრესტიჟული სამეცნიერო სტიპენდიის ექვსგზის მფლობელი, გერმანიის კვლევითი საზოგადოების (DFG) მერკატორი (Mercator-Fellow), გერმანიის ალექსანდრე ფონ ჰუმბოლდტის ფონდის ნდობის მეცნიერი (2010-2015 წწ.), ევროპის არქეოლოგთა ასოციაციის წევრი (2009-2013 წწ.), 2017 წლიდან დღემდე გერმანიის არქეოლოგიის ინსტიტუტის ევრაზიის განყოფილების მეცნიერ თანამშრომელი (Mercator-Fellow).
პროფესორი ჯონი აფაქიძე არამარტო ხელმძღვანელობდა საერთაშორისო ერთობლივ ექსპედიციებს, ასევე უაღრესად პრესტიჟულ და მაღალრეიტინგულ საერთაშორისო გამოცემებში აქვეყნებდა წიგნებსა და სამეცნიერო სტატიებს. პროფესორ ჯონი აფაქიძეს გერმანიაში საყოველთაოდ ცნობილ გამოცემაში „პრეისტორიული არქეოლოგია სამხრეთ-აღმოსავლეთ ევროპაში“ გამოქვეყნებული აქვს ორტომიანი მონოგრაფია ბრინჯაოსა და ადრერკინის ხანის კოლხური კულტურის შესახებ: Apakidze, J. (2009): Die Spätbronze- und Früheisenzeit in West- und Zentralkaukasien. Chronologische Studien zur Kolchis-Kultur, 1600–700 v. Chr. – Prähistorische Archäologie in Südosteuropa 24, Verlag Marie Leidorf GmbH, Rahden/Westf. 2009. ორტომიანი მონოგრაფია, http://www.vml.de/d/detail.php?ISBN=978-3-89646-595-5
2007-2017 წლებში პროფესორი ჯონი აფაქიძე იყო სოხუმის სახელმწიფო უნივერსიტეტის რექტორი.
ცნობილი მეცნიერი ჯონი აფაქიძე პირველი ქართველი არქეოლოგია, რომელსაც ბედნიერება ხვდა წილად მიწვეული ყოფილიყო ტროას საერთაშორისო არქეოლოგიურ გათხრებში. მას ასევე სხვა არაერთ მნიშვნელოვან ადგილობრივ თუ საერთაშორისო არქეოლოგიურ გათხრებში აქვს მიღებული აქტიური მონაწილეობა. 2011-2015 და 2017 წლებში ის ხელმძღვანელობდა ზუგდიდის მუნიციპალიტეტის სოფელ დიდინეძში მდებარე ტაბაკონის ბრინჯაოსა და ადრერკინის ხანის კოლხური კულტურის ხელოვნური ნამოსახლარი ბორცვის არქეოლოგიურ გათხრებს. ექსპედიციის თანახელმძღვანელი იყო გერმანიის არქეოლოგიის ინსტიტუტის ევრაზიის განყოფილების პირველი დირექტორი პროფ. სვენდ ჰანზენი. არქეოლოგიურ გათხრები ტარდებოდა სოხუმის სახელწიფო უნივერსიტეტის არქეოლოგიის ინსტიტუტსა და გერმანიის არქეოლოგიის ინსტიტუტის ევრაზიის განყოფილებას შორის არსებული ინსტიტუტთაშორისი პარტნიორობის საფუძველზე.
ბატონ ჯონი აფაქიძეს მიღებული აქვს არაერთი ჯილდო: საქართველოს ეროვნული (სახელმწიფო) პრემია შავი ზღვის აუზის ქვეყნების პრეისტორიული არქეოლოგიის შესწავლის დარგში შეტანილი წვლილის გამო; ბრწყინვალების საპრეზიდენტო ორდენი. სოხუმის ხელმწიფო უნივერსიტეტის რექტორის პოსტზე 2007-2017 წლებში გაწეული სამსახურისა და მიღწეული წარმატებების გამო სრულიად საქართველოს კათოლიკოს-პატრიარქმა ილია II-მ ჯონი აფაქიძე 2015 წელს დააჯილდოვა წმიდა ნინოს ბრილიანტის ჯვრითა და წმიდა გიორგის ოქროს სამკერდე ხატით, ხოლო 2017 წელს - წმიდა თამარ მეფის ოქროს ბეჭდით. აქვე საგანგებოდ უნდა აღვნიშნოთ, რომ სწორედ ჯონი აფაქიძის რექტორობის დროს, 2009 წელს მისმა უწმიდესობამ დევნილობაში მყოფი სოხუმის სახელმწიფო უნივერსიტეტი დააჯილდოვა ქართული მართლმადიდებლური ეკლესიის უმაღლესი ჯილდოთი - წმიდა გიორგის ოქროს ორდენით.
საპატიო დოქტორის წოდების მინიჭების ღონისძიებას ესწრებოდნენ გერმანიის არქეოლოგიის ინსტიტუტის ევრაზიის განყოფილების პირველი დირექტორი, პროფესორი სვენდ ჰანზენი, გერმანიის არქეოლოგიის ინსტიტუტის ევრაზიის განყოფილების თანამშრომელი კატრინ ბასტერტ-ლამპრიხი და საქართველოს ეროვნული მუზეუმის მთავარი მეცნიერ თანამშრომელი, სამეცნიერო ლაბორატორიის ხელმძღვანელი ირინა ღამბაშიძე.
