ქიმიის დეპარტამენტი ჩამოყალიბდა ქიმიის კათედის ბაზაზე 2006 წლის იანვრიდან.
ქიმიის კათედრა შეიქმნა 1935 წლის 4 ოქტომბერს ბათუმის სამასწავლებლო ინსტიტუტთან. კათედრამ 75 წლის მანძილზე ჩამოყალიბებისა და ორგანიზაციული სრულყოფის რთული გზა განვლო. მის პირველ გამგედ არჩეულ იქნა დოცენტი გიორგი ციციშვილი (1936-1945 წწ.)
1945 წ. იანვარში სამასწავლებლო ინსტიტუტის სახელმწიფო პედაგოგიურ ინსტიტუტად გარდაქმნის გამო, აუცილებელი გახდა საბუნებისმეტყველო კათედრების ჩამოყალიბება. 1946 წ. სექტემბერში ქიმიის ლაბორატორიები გამოეყო ბუნებისმეტყველების კათედრას და შეიქმნა ქიმიის კათედრა. 1946 წ. კათედრის გამგედ არჩეული იქნა პროფ. ვიქტორ კოკოჩაშვილი. ამ დროისათვის კათედრაზე მუშაობდნენ: დოც. ა. ნოღაიდელი, უფროსი მასწავლებლები: ვ.ქემხაძე, ნ.ჟორდანია და დ. იმნაძე, ხოლო კათედრის გამგე იყო პროფ. ვ. კოკოჩაშვილი. ბატონი ვიქტორის დამსახურებით სტუდენტურ ბიბლიოთეკას არა ერთი ქართული სახელმძღვანელო შეემატა. დიდია ვიქტორ კოკოჩაშვილის დამსახურება ახალგაზრდა თაობის აღზრდის საქმეში.

1948 წ. ქიმიის კათედრას სათავეში ჩაუდგა დოცენტი ვლადიმერ ქემხაძე (1907-1983 წწ). 1955 წ. ბათუმის პედაგოგიურ ინსტიტუტში განხორციელდა პროფილების გაერთიანება, რის გამოც ქიმიის კათედრა გაუქმდა და ქიმიკოსები გაერთიანდნენ ბუნებისმეტყველების კათედრაზე. კათედრის გამგედ არჩეული იქნა დოცენტი ჯემალ მესხიძე, ხოლო ქიმიის კათედრის ყოფილი გამგე ვლადიმერ ქემხაძე დაწინაურებული იქნა ინსტიტუტის დირექტორად. ქიმიის ლაბორატორიებისა და სალექციო აუდიტორიების მოწყობაში ქიმიის კათედრას დიდი დახმარება გაუწია ივანე ჯავახიშვილის სახელობის თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის მაღალმოლეკულური ნაერთების ქიმიის კათედრის გამგემ, აჭარის მკვიდრმა, პროფესორმა ალექსანდრე (ახმედ) ნოღაიდელმა. მან ბათუმის პედაგოგიური ინსტიტუტის ქიმიის ლაბორატორიებს უსასყიდლოდ გადასცა ქიმიური რეაქტივები, ქიმიური ჭურჭელი და ხელსაწყო-აპარატურა.

1971 წლის მაისში ბიოლოგიის კათედრას გამოეყო და შეიქმნა საბუნებისმეტყველო დისციპლინების სწავლების მეთოდიკისა და ქიმიის კათედრა. კათედრის გამგის თანამდებობაზე არჩეული იქნა დოცენტი ირაკლი ნაკაიძე. 1978 წლის 26 ივნისს საქართველოს უმაღლესი და საშუალო სპეციალური განათლების სამინისტროს ბრძანებით ბათუმის პედაგოგიურ ინსტიტუტში შეიქმნა ქიმიისა და ბუნებისმცოდნეობის კათედრა. კათედრაზე გაერთიანდა ქიმიური დისციპლინები, ასევე მცენარეთა ფიზიოლოგია, მიკრობიოლოგია, სოფლის მეურნეობის საფუძვლები და ბუნებათმცოდნეობა.
ახლადშექმნილი კათედრის გამგედ აირჩიეს ქიმიურ მეცნიერებათა კანდიდატი, დოცენტი ოთარ შამილიშვილი, რომელიც 1971 წლის აპრილში, საქართველოს უმაღლესი და საშუალო სპეციალური განათლების მინისტრის, აკადემიკოს გიორგი ჯიბლაძის მითითებით გადმოყვანილი იქნა საქართველოს პოლიტექნიკური ინსტიტუტის ზოგადი და არაორგანული ქიმიის კათედრიდან. ოთარ შამილიშვილი ქიმიის კათედრას ხელმძღვანელობდა 28 წლის მანძილზე. სამეცნიერო-კვლევითი და პედაგოგიური მუშაობისათვის იგი მრავალჯერ იქნა დაჯილდოებული ქების სიგელებისთა და მედლებით, დაჯილდოებულია ღირსების ორდენით. ამ წლებში ქიმიის კათედრის ინიციატივით, საუნივერსიტეტო მასშტაბით მოეწყო დოც. ვლ. ქემხაძისა და პროფ. ალ.ნოღაიდელის საიუბილეო საღამოები, ამიერკავკასიის ქიმიკოსთა ყრილობა.

2006 წლის იანვარში ქიმიის კათედრის ბაზაზე შეიქმნა ქიმიის დეპარტამენტი, რომლის ხელმძღვანელად დაინიშნა ს.მ.მ.დ., პროფესორი ნინო კიკნაძე, ხოლო 2006 წლის სექტემბრიდან 2013 წლამდე დღემდე ქიმიის დეპარტამენტს ხელმძღვანელობდა ქიმიის მეცნიერებათა კანდიდატი, ბსუ-ს ასოცირებული პროფესორი ნატო დიდმანიძე.

2013 წლიდან დღემდე ქიმიის დეპარტამენტს ხელმძღვანელობს ასოცირებული პროფესორი მაია ვანიძე.
დეპარტამენტში ფუნქციონირებს არაორგანული, ანალიზური  და ორგანული ქიმიის მიმართულება, რომელთა კვლევის პრიორიტეტებია: ბიომეტალებთან ახალი ბიოკოორდინაციული ნაერთების სინთეზი და კვლევა; შავი ზღვის წყლის ზოგიერთი ქიმიური პარამეტრის სეზონური დინამიკის შესწავლა (აჭარის სანაპირო ზოლში), ფიზიოლოგიურად აქტიურ ნაერთთა შესწავლა სხვადასხვა ბიოლოგიურ ობიექტში;  ნაყოფების გადამუშავების უნარჩენო, ეკოლოგიურად სუფთა კომპლექსური ტექნოლოგიის შექმნა.

2000 წლიდან ქიმიის კათედრაზე გაიხსნა მაგისტრატურა სპეციალობით „კომპლექსნაერთთა ქიმია“. ამჟამად ქიმიის დეპარტამენტში მოქმედებს სამაგისტრო პროგრამა „ ქიმია“ სპეციალიზაციის ოთხი მოდულით: „არაორგანულ და კოორდინაციულ ნაერთთა ქიმია“, „ბიოორგანული ქიმია“, „მემბრანული პროცესების ფიზიკური ქიმია“, „ქიმიური ანალიზი და ექსპერტიზა“

2009 წლიდან დეპარტამენტში ასევე ფუნქციონირებს სადოქტორო საგანმანათლებლო პროგრამა „ბიოორგანული ქიმია“, რომელსაც ხელმძღვანელობს ბმდ, ასოცირებული პროფესორი მაია ვანიძე.
ქიმიის დეპარტამენტი სასწავლო და სამეცნიერო-კვლევითი საქმიანობის წარმართვისათვის  შვიდ სასწავლო ლაბორატორიასთან ერთად იყენებს დასავლეთ საქართველოს რეგიონულ ქრომატოგრაფიულ ცენტრსა და  აგრარული და მემბრანული ტექნოლოგიების ინსტიტუტის კვლევით ლაბორატორიებს.
2014-2015 სასწავლო წელს საბუნებისმეტყველო მეცნიერებათა და ჯანდაცვის ფაკულტეტზე გაიხსნა „დასავლეთ საქართველოს რეგიონული ქრომატოგრაფიული ცენტრი“, რომელსაც ხელმძღვანელობს ბსუ-ს ქიმიის დეპარტამენტის პროფესორი ალეკო კალანდია. ცენტრი შეიქმნა შოთა რუსთაველის სამეცნიერო ფონდის მიერ დაფინანსებული სამეცნიერო გრანტის ფარგლებში. ცენტრის ბაზაზე განხორციელებული კვლევები არის  საერთაშორისო დონის, რაც განპირობებულია მათი აქტუალურობითა და უახლესი ხელსაწყო-აპარატურის გამოყენებით. ცენტრის ბაზაზე ხორციელდება სწავლების სამივე საფეხურის პროგრამებით გათვალისწინებული სამეცნიერო კვლევები.
ამჟამად ქიმიის დეპარტამენტის აკადემიურ პერსონალს შეადგენს პროფესორები: ალეკო კალანდია, ირინა ბეჟანიძე; ასოცირებული პროფესორები: მაია ვანიძე, ნინო კიკნაძე; ასისტენტ პროფესორები: თინა ხარებავა, გულთამზე თავდგირიძე, ინდირა ჯაფარიძე. დეპარტამენტის სასწავლო-სამეცნიერო და ორგანიზაციულ საქმიანობაში აქტიურად არიან ჩართული სპეციალისტები: თამილა გოგიტიძე და მანანა კუჭავა.

ქიმიის დეპარტამენტი საბუნებისმეტყველო მეცნიერებათა და ჯანდაცვის ფაკულტეტის ხარისხის სამსახურთან ერთად განუხრელად ზრუნავს სწავლების ხარისხზე, ახორციელებს საგანმანათლებლო პროგრამებისა და სილაბუსების დახვეწასა და სრულყოფას.

ქიმიის დეპარტამენტის პროფესორ-მასწავლებლები და სწავლების სამივე საფეხურის სტუდენტების აქტიურად არიან ჩართული საგრანტო პროექტების განხორციელებაში. მათ მიერ მოპოვებული და განხორციელებული იქნა სხვადასხვა ფონდების ათეულობით  საგრანტო პროექტი, მათ შორის ისეთი ფონდების, როგორიცაა შოთა რუსთაველის სამეცნიერო ფონდი; საქართველოს პრეზიდენტის სარეზერვო ფონდი;  განათლების, მეცნიერებისა და ტექნოლოგიების განვითარების თს ფონდი „ხვალინდელი წარმატებისათვის“.

ქიმიის დეპარტამენტის პროფესორ-მასწავლებლები აქტიურად მონაწილეობენ სტუდენტურ ცხოვრებაშიც: იმართება საზაფხულო სკოლები, საქველმოქმედო აქციები. პროფესორ-მასწავლებლები სტუდენტებთან ერთად აქტიურად თანამშრომლობენ საჯარო სკოლებთან, ტარდება თემატური სამეცნიერო-შემეცნებითი და გასართობი ღონისძიებები.